本公司专业从事水上高速客运业务及相关服务，经营管理珠江三角洲往来香港中国客运码头、港澳码头的市区航线和往返香港国际机场海天客运码头的机场航线，近年来，更成功开拓了港澳航线和粤澳航线，形成了以香港、澳门为中心，粤港澳客船代理、票务销售、旅客运输、码头运作和行李处理的完整产业链。
30多年来，本公司以其“安全、快捷、方便、舒适”的服务在粤港澳跨境水上客运市场上迅速崛起并发展壮大，现时公司运作管理61艘高速客船，超过17,000个客位，是世界上规模最大、客位最多、技术最先进的高速客运船队，每天200多个航班往返于珠三角、香港、澳门之间的18条航线，年运送旅客超过400万人次，累计运送旅客1亿人次以上，公司注册的CKS商标己成为粤港澳家喻户晓的品牌，公司的高速客船己成为现时往来三地和过境港澳前往世界各地的首选交通工具。
自2020年5月收购新渡轮服务有限公司(「新渡轮」)起，珠江船务开始进驻香港本地渡轮市场，提供港内及离岛共五条主要渡轮航线的服务。
粤港市区航线
公司经营香港市区往返珠三角的八条航线，覆盖了珠江三角洲各主要城市，每天开行90多个航班， 20多年来，为密切粤港两地的交流与合作作出了重要贡献。
粤港机场航线
2003年，本公司与香港机场管理局合作，推出世界首创的“海天联运、无缝连接”的海空接驳过境业务，在香港机场与珠江三角洲之间开通六条航线，每天50多个航班，旅客在深圳机场、蛇口、东莞虎门、珠海九州、中山和番禺莲花山港登船前，可预先办理香港机场的登机及行李托运手续，在搭乘高速客船到香港机场码头后，直接进入机场候机大楼，无需办理香港出入境手续，就可以直接前往世界各地。近年来使用海天联运的旅客每年都在200万人次以上，并且逐年递增。
港澳市区航线
2007年底开通的香港往返澳门航线，每天航班多达120多个，旅客随到随走。
港澳机场航线
2009年底，本公司将香港机场海天联运的模式成功复制到澳门国际机场，依托澳门凼仔客运码头开展过境澳门海天联运业务，旅客在香港、珠海、深圳蛇口和江门等地乘坐珠江客运的高速客轮到达澳门后，无需办理澳门出入境手续，就可以直接到达澳门机场登机往返于世界各地。
香港本地渡轮航线
新渡轮经营北角往来红磡和北角往来九龙城，以及中环往来长洲、中环往来梅窝和横水渡（穿梭坪洲、梅窝、芝蔴湾及长洲），以及一条特别渡轮航线（北角往来西贡大庙湾，只在天后诞提供服务）。
